Menurut Tingkok Nagari Koto Baru yang dikeluarkan oleh Kerapatan Adat Nagari (KAN) Koto Baru, asal usul Nagari Koto Baru terdiri dari dua versi cerita yang saling melengkapi. Pada awalnya, masyarakat terdiri dari kelompok perorangan atau sekelompok rumah yang terletak di pinggir sungai dan dekat sawah karena kehidupan mereka bergantung pada pertanian. Sungai tersebut disebut Batang Lembang, yang menjadi batas Nagari Koto Baru dengan daerah Gantung Ciri, Cupak, dan Koto Lalang. Seiring waktu, kelompok-kelompok penduduk ini berkembang menjadi dusun-dusun yang terdiri dari beberapa rumah, dan akhirnya dusun-dusun tersebut berkembang menjadi kampung. Kampung-kampung ini kemudian bergabung dan membentuk Nagari.
Salah satu versi cerita menjelaskan bahwa asal usul nama Koto Baru bermula dari temuan potongan kayu dan semak belukar yang hanyut dari hulu sungai ke hiliran dekat Badenah Salayo. Setiap hari, orang-orang yang mandi di sungai tersebut menemukan potongan kayu baru dan semak belukar yang hanyut, yang berasal dari aktivitas penebangan dan perambahan oleh penduduk di hulu sungai untuk mengembangkan perkampungan dan lahan pertanian.
Suatu hari, beberapa orang yang mandi di Badenah sepakat untuk menyelusuri hulu sungai demi mengetahui asal-usul potongan kayu dan semak belukar tersebut. Mereka mengutus 13 Datuk dari Pariangan Padang Panjang dalam tiga rombongan untuk menelusuri Batang Lembang, Batang Kayu Samuk, dan Batang Sawah Pasie. Setiap rombongan menemukan pemukiman penduduk yang ramai serta lahan pertanian yang subur di sepanjang aliran sungai. Setelah berkumpul kembali, mereka menyadari bahwa di hulu sungai telah ada sebuah perkampungan baru, yang kemudian disebut "Koto Nan Baru" atau "Koto Baru."